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基因数据处理42之mango问题_seqdict.avro不存在解决
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-08 热度：84
参考【1】中问题解决 问题分析：这是新版本的问题：adam0.19.1目前在maven中心仓库没有 解决办法： package org.gcdss.test import java.io.File import java.nio.file.Files import org.apache.parquet.hadoop.metadata.CompressionCodecName import org.ap[详细]
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基因数据处理43之mango之503错误
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-08 热度：170
HTTP ERROR : 503 Problem accessing /. Reason : Service Unavailable Powered by Jetty :// 更详细请见： https://github.com/bigdatagenomics/mango/issues/181[详细]
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推荐系统技术之文本相似性计算（三）
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：61
今天这篇也比较长，但中间有部分是代码，7，8，9最后三节的信息我认为较为有用。 前面说了两篇了，推荐系统技术之文本相似性计算（一）和推荐系统技术 --- 文本相似性计算（二）分别介绍了 TFIDF 和向量空间的相关东西，然后介绍了 主题模型 ，这一篇我们就[详细]
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趣图：论修电脑和当医生的相似性
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：163
（点击 上方公众号 ，可快速关注） 既然喝水这么重要，今天来送个福利 ↓↓↓ 据路边社报道，水杯离你越近，喝水的频率将会越高。 借今天的趣图，来团一款方便携带的随手水杯。emoi 品牌，环保，外观设计简洁大方，手感也很不错。密封防漏做的好，可随身携带[详细]
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[生产库实战] 如何合理的使用logmnr进行日志挖掘，并对生产库影
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：178
Oracle Logmnr这个工具怎么用这里就不详细说，可以查看官方文档，网上的文档也一大堆，自己找吧。我这里就直接上干货了。 --创建Oracle目录 select * from dba_directories; create directory archivelog_dir as '/archivelog1/temp_archivelog/'; --grant r[详细]
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基因数据处理44之cloud-scale-bwamem安装
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：85
cloud-scale-bwamem是在spark等云环境上实现bwa-mem算法，加速对全基因组匹配的处理 1.下载： git clone https: //github.com/ytchen0323/cloud-scale-bwamem.git 2.编译： mvn clean package 3.编译成功： [INFO] ----------------------------------------[详细]
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基因数据处理50之cs-bwamem、bwa、snap、bwa-mem与art比较
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：117
直接看结果： （1）art仿真数据： hadoop @Master :~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem $ cat G38L100c50Nhs20 .aln ##ART_Illumina read_length 100 @CM art_illumina -ss HS20 -i GRCH38chr1L3556522 .fna -l 100 -c 50 -o G38L100c50Nhs20 -rs 1[详细]
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基因数据处理45之cloud-scale-bwamem安装（compile.pl安装有问题
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：62
脚本： hadoop @Master :~/xubo/tools/cloud-scale-bwamem $ cat compile.pl #! /usr/bin/perl system "mvn clean package" ;chdir "./src" ;system "mvn package -PotherOutputDir" ;chdir "./main/jni_fpga" ;system "mvn package -PotherOutputDir" ;chdi[详细]
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基因数据处理47之ART基因序列数据生成器（仿真）
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：113
1.概念： ART基因序列数据生成器 详细请见论文：【1】 和官网【2】 2.下载： ART-bin-GreatSmokyMountains-04.17.16-Linux64.tgz http://www.niehs.nih.gov/research/resources/assets/docs/artbingreatsmokymountains041716linux64tgz.tgz 3.配置 sudo cp到[详细]
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基因数据处理49之cloud-scale-bwamem运行成功
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：150
1.先使用art生成数据： 请看前一篇 2.上传fastq到hdfs： hadoop @Master :~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem $ spark-submit -- class cs . ucla . edu . bwaspark . BWAMEMSpark -- master local [2] / home / hadoop / xubo / tools / cloud - s[详细]
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基因数据处理48之ART使用实例
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：166
相关参数请见上一篇 1.使用实例1： hadoop @Master :~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem $ art_illumina -ss HS20 -i GRCH38chr1L3556522 .fna -l 100 -f 20 -o G38L100F20Nhs20 ==================== ART ==================== ART_Illumina ( 200[详细]
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求0至大数之间的随机数
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：152
题目：给定一个String类型的大数(非负整数)，不能直接转化为Integer，类似如下要求 The numbers can be arbitrarily large and are non-negative. Converting the input string to integer is? NOT ?allowed. You should? NOT ?use internal library such as[详细]
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基因数据处理26之avocado运行snap-basic有问题
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：75
hadoop@Master:~/xubo/data/testTools/se$ avocado-submit /xubo/avocado/hs2 .fq /xubo/avocado/hs38DH .fa /xubo/avocado/test20160527NUMhs2snap /home/hadoop/xubo/data/testTools/se/snap-basic .properties Using SPARK_SUBMIT=/home/hadoop/cloud/spa[详细]
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工具 | R高效数据处理包dplyr和data.table，你选哪个？
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：59
dplyr和data.table是R的两个高效数据处理包，这两个包有它们各自的优点。dplyr包的语法更加优雅，提供了更易于人类所能理解的自然语言。data.table包的语法简洁，并且只需一行代码就可以完成很多事情。进一步地，data.table在某些情况下执行效率更高（见这里[详细]
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如何挖掘大数据“钻石矿”? 李克强绘四大路径
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：80
中新社 刘震 摄 有人将大数据比喻为“21世纪的钻石矿”。如何在新一轮信息化潮流中抢得先机，掘得富矿？中国国务院总理李克强25日在中国大数据产业峰会暨中国电子商务创新发展峰会(以下简称：数博会)上发表致辞时，为此描绘出四大清晰路径。 路径一：大数据[详细]
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WindowsXP SP3 AFD.sys 本地拒绝服务漏洞的挖掘过程
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：78
标 题: WindowsXP SP3 AFD.sys 本地拒绝服务漏洞的挖掘过程 时 间: 2013-03-17,15:22:33 这是本人第一次做漏洞挖掘，2月的时候开始研究漏洞挖掘技术，2月24号那天在进行Fuzz测试的时候偶然的发现了一个afd.sys未处理的异常，然后就对这个异常如获至宝的分析[详细]
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520我与大数据有个约会——上海大数据创新应用论坛完美落幕
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：94
2016年5月20日周五下午，由上海市大数据联盟牵头，慧与(中国)有限公司、联通小沃科技与华院数据共同承办，来自金融服务业、运营商、零售及电商、制造等行业的大数据应用先行者们为各行各业170余位来宾们打开了一扇通向大数据应用落地彼岸的智慧之门。会议由[详细]
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基因数据处理31之avocado运行avocado-cli中的avocado问题3-变异
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：190
读入的read为： val fqFile = "hs38DHSE1L100F1.sam" 读取结果： cleanedReads. count : 1 { "readNum" : 0 , "contig" : { "contigName" : "chrUn_KN707963v1_decoy" , "contigLength" : 62955 , "contigMD5" : null , "referenceURL" : null , "assembly"[详细]
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基因数据处理32之Avocado运行记录(人造数据集)
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：196
主要是需要数据正确，如果中间缺少记录，avocado一般不会成功 1.代码： Avocado修改： /** * Licensed to Big Data Genomics (BDG) under one * or more contributor license agreements. See the NOTICE file * distributed with this work for additional[详细]
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基因数据处理30之avocado运行avocado-cli中的avocado问题1和2
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：182
问题1： avocado中的run方法中： println( "stats.coverage:" + stats .coverage ) 调用的是： lazy val coverage = ComputingCoverage.time { ScoreCoverage(inputDataset) } 然后报错： Exception in thread "main" java .lang .UnsupportedOperationExcep[详细]
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基因数据处理33之Avocado运行记录(参考基因组)
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：146
1.数据下载： avocaodo的test resource中 2.预处理： cat Homo_sapiens_assembly19 .fasta | grep -i -n '' Homo_sapiens_assembly19Head .txt cat Homo_sapiens_assembly19Head .txt cat Homo_sapiens_assembly19 .fasta | head - 34770016 |tail - 787820[详细]
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nyoj 28 大数阶乘
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：134
大数阶乘 时间限制： 3000 ?ms ?|? 内存限制： 65535 ?KB 难度： 3 描述 我们都知道如何计算一个数的阶乘，可是，如果这个数很大呢，我们该如何去计算它并输出它？ 输入 输入一个整数m(0m=5000) 输出 输出m的阶乘，并在输出结束之后输入一个换行符 样例输入[详细]
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PrefixSpan序列模式挖掘算法
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-05 热度：142
介绍 与GSP一样，PrefixSpan算法也是序列模式分析算法的一种，不过与前者不同的是PrefixSpan算法不产生任何的侯选集，在这点上可以说已经比GSP好很多了。PrefixSpan算法可以挖掘出满足阈值的所有序列模式，可以说是非常经典的算法。序列的格式就是上文中提到[详细]
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大数据分析查询引擎Impala
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-05 热度：193
来自标点符的《大数据分析查询引擎Impala》 作者：标点符（钱魏 Way） 链接：http://www.biaodianfu.com/impala.html Impala是Cloudera公司主导开发的新型查询系统，它提供SQL语义，能查询存储在Hadoop的HDFS和HBase中的PB级大数据。 已有的Hive系统虽然也提[详细]
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1.大道至简的数据处理工具（Power Query）
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-05 热度：184
? ?如果你不想学复杂的函数，如果不想学更难的VBA。但你想把数据处分分析工作做好。那么，来吧！这套课程将是你最好的选择。远离繁杂，回归简单与智能化。 ? ?先来看看power query 怎么做些什么。先来展示一下效果图。 1.获取文夹下的所有工作簿的数据 2.获[详细]
